Fran Supek: “Uvijek pokušavam smišljati nove ideje, u suprotnom mi je dosadno!”

? 15 min

Danas mi je posebno zadovoljstvo najaviti intervju s našim dugogodišnjim alumnijem – Franom Supekom. Fran je sudjelovao na S3-juu nekoliko godina, u ulogama vođe projekata i organizatora Škole, a danas je voditelj vlastite grupe, koja istražuje biologiju genoma u Barceloni. Danas ga predstavljamo u kategoriji Prezentiram Alumnija kao jednog od naših voditelja grupa.

Odakle dolazi tvoja strast za znanošću? Je li to nešto što si razvio tijekom srednje škole ili su postojali i raniji znakovi znanstvenog interesa?

Uvijek me zanimalo kako stvari rade te zašto su one takve kakve jesu. Odrastao sam u okolini koja me podržavala, uključujući i moju obitelj (ponajviše me za prirodne znanosti zainteresirao djed) te geekove iz mog društva prijatelja i školskih kolega s kojima sam dijelio iste interese.

Obrazovanje i karijera

Jako je važno imati potporu, osobito u školi u kojoj učitelji vole prenositi vlastito znanje i strast. No nažalost, nemaju sve škole tu financijsku mogućnost ili toliko entuzijastične predavače. Kako je to bilo u tvom slučaju?

Moja srednja skola bila je poprilično posebna: tada nije bilo toliko škola gdje bi se osjećao super (pa čak i cool!) ako si bio geek te si bio okružen dodatnim geekovima. Jednostavno sam bio okružen učenicima koji su imali slične ideje i očekivanja; željeli su ići na natjecanja iz znanstvenih predmeta ili su sudjelovali na dodatnoj nastavi iz npr. matematike. Tu posebice moram spomenuti učitelje koji su vodili takve grupe, koji su primijetili našu želju za znanjem te volontirali vlastito vrijeme kako bi pojačali kurikulum za nas. Stvarno im od srca zahvaljujem za entuzijazam i vrijeme koje su uložili u nas.

• Srednja škola: 1994. – 1998., matematička gimnazija, V. gimnazija Zagreb
• Preddiplomski: 1998. – 2004., Molekularna biologija, Prirodoslovno-matematički fakultet, Sveučilište u Zagrebu, Hrvatska
• Diplomski/doktorski: 2004. – 2010., Komparativna genomika, Prirodoslovno-matematički fakultet, Sveučilište u Zagrebu, Hrvatska
• Znanstveni novak: 2005. – 2012., Laboratorij za strojno učenje i reprezentacije znanja, Institut Ruđer Bošković, Hrvatska
• Postdoktorat: 2010. – 2016., Centar za genomsku regulaciju (CRG), Barcelona, Španjolska
• Vanjski suradnik: 2014. – 2017., Laboratorij za strojno učenje i reprezentacije znanja, Institut Ruđer Bošković, Hrvatska
• Voditelj grupe: 2017. – trenutno, Genome Data Science,  IRB Barcelona, Španjolska
• Znanstveni profesor: 2018. – trenutno, ICREA, Barcelona, Španjolska
  • Publikacije

S obzirom da sam i sama išla u matemtičku gimnaziju, zanima me je li ti bilo lako donijeti odluku o studiju. Jesi li odmah znao da želiš studirati biologiju?

Apsolutno ne! S obzirom da sam se interesirao o tome kako svijet funkcionira, pronašao sam podjednake interese u sociologiji, informatici i biologiji. U zadnjim trenucima odlučivao sam između Fakulteta elektrotehnike i računarstva (FER) i Prirodoslovno-matematičkog fakulteta (PMF). Na kraju sam se odlučio za PMF s obzirom da su se oni puno više fokusirali na istraživanja. No, da budem u potpunosti iskren, uvijek sam imao na umu da – ukoliko mi se to ne svidi – mogu promijeniti svoju odluku. Odnosno, čak i ako se odlučim za jedno područje, velika je šansa da ću ipak završiti i u drugim područjima. To se nekako i dogodilo: studirao sam molekularnu biologiju, no sada radim u bioinformatici i genomici (koje su poprilično računalno orijentirane, čak su više fokusirane na informatiku nego samu biologiju).

Kako ti se svidio studij biologije, je li to bilo sve o čemu si sanjao?

Meni je bilo stvarno fenomenalno. Imali smo jako puno odličnih profesora i super kolega. Naučili smo stvarno puno – studirali smo biologiju u jako širom obliku te smo na taj našin pokrili jako različita područja biologije. To je bilo obavezno s obzirom da nismo mogli birati predmete, pa sam nekad razmišljao ima li smisla fokusirati se toliko na sve te predmete ako postoji nešto na čemu sasvim sigurno neću raditi u budućnosti. No, nikad ne znaš. Možda je to i pozitivna strana takvog kurikuluma, da nam omogući uvid u različite predmete kako bismo pronašli vlastitu znanstvenu nišu. Također, u to je vrijeme rasla potreba među studentima biologije za organiziranjem vlastitog društva, što je rezultiralo organizacijom udruge BIUS, kojoj sam se potom pridružio.

Kako si ušao u svijet bioinformatike?

Nažalost, bioinformatika kao predmet nije postojala za vrijeme mojeg preddiplomskog studija, no pronašao sam labos u kojem se radila genomika te sam tamo napravio svoj diplomski rad. To me toliko oduševilo da sam kasnije kao doktorand iz genomike dolazio na predavanja… iz genomike, slusajuci ih sa mladim studentima.

Reci nam, kakvo je bilo tvoje iskustvo s doktoratom?

Stvarno fantastično! Nakon što sam otkrio svoju strast u računalnoj biologiji, pridružio sam se Laboratoriju za strojno učenje i reprezentacijeu znanja na Institutu Ruđer Bošković (IRB) u Zagrebu. Istraživao sam primjenu umjetne inteligencije u području genomike i evolucijske biologije, s fokusom na relativno jednostavnom bakterijskom genomu – jedinom koji je postojao u to vrijeme. Bio sam jedini biolog u grupi računalaca, što je za mene bilo super jer sam mogao naučiti jako puno o algoritmima strojnog učenja i njihovoj iskoristivosti u biomedicini, što je bio fokus same grupe. S druge strane, s obzirom da sam bio jedini biolog među njima, sudjelovao sam u puno kolaboracija i pomagao u različitim projektima.

Danas, kad kao uspješni znanstvenik pogledaš unatrag, postoji li nešto što bi napravio drukčije?

Ako objektivno pogledam tijek svog doktorata, najvjerojatnije je mogao biti dovršen u kraćem vremenu sa sličnim rezultatima. Mislim da nisam nikad bio dovoljno samodiscipliniran da se fokusiram na samo jednu stvar i da nemam hrpu malih kul projekata sa strane (iz kojih sam, doduše, puno naučio, tako da to u principu nije bio totalan promašaj). Na primjer, bio sam u puno kolaboracija koje su mi bile stvarno super, no većina tih projekata bila je toliko odvojena od teme mog doktorata da ih na kraju nisam uopće mogao dodati u svoju disertaciju.

Jedino što mi je jako nedostajalo za vrijeme doktorata, a specifično je vezano za instituciju u kojoj sam bio (koja je inače fantastično okruženje), bila je mogućnost interakcija s internacionalnom znanstvenom zajednicom. Nedostajala su mi predavanja internacionalnih predavača s kojima bismo mogli pritom diskutirati i podijeliti vlastite ideje te na taj način možda i pokrenuti internacionalnu kolaboraciju. To bi omogućilo studentima da se bolje povežu s vanjskim svijetom te saznaju za mogućne internacionalne pozicije. Smatram da su aktivne razmjene s ljudima iz cijelog svijeta važne za znanstvenu zajednicu te omogućuju njezin razvoj i kreiranje novih ideja.

Nakon svog doktorata odlučio si se za odlazak iz Hrvatske na internacionalnu postdoktorsku poziciju. Možeš li nam ispričati nešto o tom iskustvu?

Jednostavno sam proučavao labose iz genomike u različitim dijelovima Europe. Tad sam pronašao ovaj fenomenalan institut, CRG u Barceloni, koji se nalazi direktno na obali! Proučio sam njihova istraživanja i saznao da je CRG fenomenalno mjesto. Proces prijave bio je poprilično jasan: morao sam se prijaviti na natječaj za postdoktoranda s prijedlogom vlastitog projekta. Nakon toga sam morao prezentirati i obraniti prijedlog projekta ispred vijeća profesora, koji su bili poprilično kritički nastrojeni. Odnosno, tako sam ja to doživio. Stvarno sam se osjećao loše i mislio sam da ih nisam uspio uvjeriti da mi daju poziciju. Ipak, njima se jako svidjelo te sam postao postdoktorand. Proveo sam tamo 6 godina u dvama labosima, gdje sam istraživao evoluciju bakterijskih genoma i genoma raka, pri čemu sam razvio nove statističke metode kako bih saznao kako oni evoluiraju te zašto su ti genomi baš takvi kakvi jesu.

Što bi rekao, što je bila najvažnija lekcija koju si naučio tijekom svog postdoktorata?

Kad odlučuješ što napraviti nakon doktorata i razmišljaš o postdoktratu u akademiji, moraš se zapitati: jesi li spreman investirati dodatnih nekoliko godina, u potpunosti fokusiran na znanost, kako bi skupio dovoljno iskustva i razvio svoj portfolio do te mjere da bi ti se omogućila profesorska karijera, odnosno karijera voditelja grupe na nekom sveučilistu ili instituta? To je poprilično emocionalna odluka – ako stvarno osjećaš da te to vuče (sa svim pozitivnim i negativnim stranama), onda probaj. No ukoliko to nije to, postoji stvano puno poslova za novopečene doktorande koji bi ti se svidjeli.

Što za tebe znači postati voditeljem grupe? Je li proces bio težak?

To je jako zahtjevan, no ispunjujući posao. Pronaći posao nije lako s obzirom da nema puno otvorenih pozicija lokalno, već se često moraš osloniti na geografsku mobilnost. Ovisno o privatnoj situaciji pojedine osobe, to nije uvijek najjednostavnije napraviti. Nadalje, jednom kad započneš na nezavisnoj poziciji, svi će te dočekati s visokim očekivanjima, npr. objavom članaka u velikim časopisima, osvajanjem natječaja (ili više njih), dobrim mentoriranjem svojih studenata. U početku je toga toliko puno da se teško nositi s time. Također treba spomenuti kako u početku većina vremena (otprilike trećina) odlazi na administrativne poslove: sjedenje u različitim vijećima, upravljanje financijama, ispunjavanje različitih dokumenata (npr. izvještaje s projekata) i sl.

Što se mene tiče, prijavio sam se na nekoliko mjesta u Europi i nekoliko u Španjolskoj. Bio sam poprilično sretan kad sam primio ponudu s IRB Barcelone, s obzirom da su imali jako dobru reputaciju kao jedno od najboljih institucija za znanost u Španjolskoj, što je prepoznato i u svijetu.

Na čemu radi tvoja grupa?

Mi radimo u području genomike raka. Trenutni fokus nam je mutageneza, gdje pokušavamo razumjeti zašto i kada dolazi do mutacija, odnosno koji su mehanizmi odgovorni za njihov nastanak ili nestanak. U prošlom se desetljeću genomika jako razvila te je dokazano da je vjerojatnost mutacije nejednoliko raspodijeljena u genomu. To se dodatno komplicira različitim regulacijskim i eksprimiranim genima, koji mogu raznovrsno utjecati na brzinu mutacije. Prilikom mutacije naše stanice mogu direktno ograničiti, odnosno usmjeriti kapacitet DNA popravka na ona mjesta u genomu koja su najviše cijenjena – mjesta s najvišom ekspresijom gena. Postoji nekoliko preklapajućih mehanizama DNA popravka i svaki je od njih ciljan na drukčiji način, zbog čega priča postane dodatno (prekrasno) komplicirana. Više toga za proučavati!

Što mi možeš reći o svom timu?

Moja grupa, Genome Data Science laboratorij, sastoji se od 13 ljudi – poprilično puno za grupu koja je tek proslavila 4. rođendan. Bio sam jako uspješan s dobivanjem natječaja iz EU, što je omogućilo brz rast grupe, a uz to je i interes među studentima bio jako velik. Sada imam 6 doktorskih studenata, nekoliko postdoktoranda i inženjera. Mješovita smo grupa, no većina ih dolazi iz Španjolske. U šali znam reći da smo poprilično internacionalna grupa jer nas je nekolicina iz Katalonije, dok su ostali iz Asturije ili Andalucije (što su sve dijelovi Španjolske). Uz to imamo i par ljudi iz Francuske, Njemačke, Rusije i – naravno – Hrvatske. Službeni nam je jezik engleski kako se nitko ne bi osjećao zapostavljenim. S obzirom na tip posla, većinom smo računalci, no imamo i troje eksperimentalaca, koji rade na staničnim kulturama kako bi istražili kontrolu staničnih mehanizama u stanicama raka. Iako ne mogu biti nepristran, mislim da je moj tim stvarno izvrstan! Jako su talentirani, fokusirani na posao i kolegijalni. Volim naš kolaborativni duh i znanstvene diskusije koje vodimo u grupi.

Kako je stvarno biti voditeljom grupe?

Vjerojatno je najbliže istini reći da je poprilično kaotično s obzirom na količnu različitih poslova koje treba konstantno balansirati. Ponekad postoji određena količina malih zadataka koji zahtijevaju pozornost i koje je lako riješiti u jednom radnom danu, no ponekad postoje rokovi, npr. za pripremiti natječaj ili napisati reviziju članka, sto pretvara radni tjedan u nešto više od standardnih 40 sati. Naravno, za to je potrebna izdržljivost. Kao što sam spomenuo, ima puno administrativnog posla, a to nekad nije jako ispunjujuće. Ipak, znanstvene diskusije s grupom i sreća zbog otkrivanja nečeg novog jednostavno su fenomenalne. Nažalost, ovih dana nemam dovoljno vremena za kodiranje ili analiziranje podataka, ali nastojim biti na raspolaganju za studente i suradnike koliko god oni trebali (poneki email ostane neodgovoren…). Često se moram prebacivati s jednog projekta na drugi i pritom zadržati fokus na najvažnijim stvarima bez da se izgubim u detaljima. To može biti dosta izazovno u početku jer trebaš naučiti kako žonglirati svoje vrijeme i mentalnu energiju.

Koji je tvoj stil mentoriranja studenata?

Pokušavam ga održati poprilično neformalnim i nastojim imati vremena za razgovor svaki tjedan (ili češće ako je potrebno), kako bismo mogli diskutirati što je već potrebno – organiziranje posla, planiranje, diskusija rezultata, rasprava o novim člancima koji su nedavno objavljeni, pisanje novih članaka itd. Na IRB-u svaki student mora jednom godišnje prezentirati svoj napredak pred vijećem, što stavlja povelik pritisak na njih. Tu se trudim biti uz njih kad se pripremaju prije samog velikog dana. Okvirno ciljamo na to da svaki student objavi najmanje 2 članka kao primarni autor u računalnim časopisima tijekom svojeg četverogodišnjeg doktorata, a 1 članak za eksperimentalne projekte. To drži i njih i mene fokusiranima, a uz to im omogućuje da objave svoju doktorsku disertaciju kao kolekciju objavljenih radova umjesto pisanja čitave disertacije. Nemam očekivanja o objavi u high impact časopisima, no moje je razmišljanje sljedeće – ako je tvoje istraživanje važno i interesantno, tako i onako će to primijetiti urednici nekog super časopisa.

Što donosi budućnost u tvojoj grupi? Možeš li nam nešto otkriti?

Uvijek pokušavam smišljati nove ideje, u suprotnom mi je dosadno! Mogu podijeliti neke uzbudljive vijesti iz trenutnog istraživanja u području mehanizama kvalitete kontrole mRNA (tzv. NMD) u ljudskim stanicama, koji degradiraju transkripte ukoliko se stop-kodon pojavi na krivom mjestu. Pronašli smo pokazatelje da je taj mehanizam, koji je inače mehanizam obrane, također uključen u pogoršavanje mnogih genetskih bolesti (uključujući i rak). To nas je jako iznenadilo i implicira da bi se lijekovi koji se fokusiraju na inhibiciju tog mehanizma mogli koristiti za smirenje simptoma raznih genetskih bolesti. Dodatno, koristeći genomske podatke pojedinačnih pacijenata možemo predvidjeti hoće li takvo liječenje biti uspješno ili ne. Sada radimo na nekoliko hipoteza kako bismo uspjeli iskoristiti inhibiciju NMD mehanizma u borbi protiv raka, pojačavajući pritom efekte imunoterapije.

To zvuči stvarno interesantno, pogotovo mogućnost primjene u liječenju genetskih bolesti. Hvala ti što si s nama podijelio takve uzbudljive vijesti.

Ljetna škola znanosti

2007. pristupila mi je Martina Mijušković i zamolila me da vodim projekt. Svidjela mi se ideja pa sam organizirao računalnu radionicu. Još se uvijek sjećam kako sam se iznenadio početnim uvjetima S3-ja u školi u Višnjanu. Bilo je to poprilično osnovno, nerazvijeno. No, bio sam istovremeno osvojen entuzijazmom, duhom i atmosferom među polaznicima i ostalim voditeljima projekata na Školi. Često sam bio impresioniram tako naivnim, a toliko preciznim pitanjima studenta – brzo su shvatili veliku sliku i pronašli nepoznanice u području. Ti i mnogi drugi razlozi motivirali su me da se vraćam godinu za godinom.

Kada bi mogao vratiti virjeme, bi li htio sudjelovati i kao polaznik?

Apsolutno! Kad god sam bio tamo, razmišljao sam kako bih volio biti dijelom S3-ja kao srednjoškolac. U moje vrijeme nije bilo takvih inicijativa. Mislim da bi trebalo postojati i više sličnih programa u Hrvatskoj. Npr. u Barceloni srednjoškolci mogu sudjelovati u programu “Lud za biomedicinom”, koji se odvija vikendima na IRB-u.  

• 

• 

Jesi li ostao u kontaktu s nekim S3 kolegama i/ili polaznicima?

I dalje se čujem s nekima iz naše stare bande, poput Anamarije Štafe. S druge strane, pak, stvarno volim doći na reunione jer su organizirani za vrijeme praznika, kad se i ja nalazim u Hrvatskoj. Uvijek se dobro prisjetiti dobrih starih vremena. Nisam se uspio pridružiti virtualnom reunionu ove godine zbog drugih stvari, ali nadam se da ćemo u budućnosti održavati i virtualne reunione i one uživo.

• 

• 

S obzirom da se približavamo kraju intervjua, dopusti mi da te pitam jedno naizgled jednostavno pitanje – nakon svih svojih iskustava, koji savjet bi dao mlađem sebi?

Jednostavno pitanje? Pa ne baš! Mislim da ne bih mijenjao previše toga, ali možda bih si savjetovao da budem više fokusiran, da završim manje stvari – no da ih napravim dobro. (Iako previše fokusa može naštetiti kreativnosti. Možda i nisam baš nešto u davanju savjeta!)

No, mislim da je važnije podijeliti prijedlog za sve one mlade ljude koji sada počinju svoje profesionalne živote. Svaki od nas ima određene ideje i vizije o tome kako bi se naš profesionalni život trebao odvijati. Za većinu ta vizija ima sigurnost i predvidljivost za prioritet. To se jako lako može pretvoriti u zamku, gdje potencijalno sam sebe držiš taocem kako bi izbjegao put koji bi mogao biti riskantan, a istovremeno bogat iskustvima koja nam omogućuju napredak i rast. Nemoj biti zatvorenik ugode. Budi hrabar. Padni, nemoj uvijek uspjeti. Nemoj se konstantno zamarati kalkuliranjem rizika – ispred svakog od nas stoji nesigurnost koju nitko ne može kontrolirati. Kad ti se pruži mogućnost, iskoristi je i napravi najbolje što znaš, budi radišan i stvari će se prije ili poslije posložiti.

Jako lijepo rečeno, vidiš da nije bilo toliko teško na kraju. Kao zadnje pitanje – koji su tvoji hobiji? Kako se relaksiraš kad nađeš vremena?

Nemam nista posebno za podijeliti. Sve se promijenilo kroz ovu godinu, pa sam tijekom pandemije većinom gledao neke TV serije, ponajviše znanstvenu fantastiku. Inače se volim družiti s prijateljima, iako sad većinom preko Skypea ili Zooma. Takva su vremena. Prije pandemije često bismo otišli na večeru u restoran, ali, eto, sad mi je dobra prilika da poradim na kuharskim vještinama!

Hvala ti na razgovoru, Frane! Želimo ti sreću na novim znanstvenim putevima i nadamo se da ćemo te vidjeti barem kao predavača na nekom od budućih S3 kampova.

Kako ti se svidio intervju? Bi li htio/htjela pitati Frana neka dodatna pitanja? Ostavi nam komentar!